岡藩最初の藩校は１７２６年（享保１１年）、第５代藩主・中川久通侯が市街西部の杣谷に拓いた『輔仁堂（ほじん）』である。『輔仁（ほじん）』とは、友がお互いに協力し合って人格向上に努めることで、論語からとったものと思われる。
１７７５年（安永５年）、第八代藩主・久貞侯は文教の振興を図り、輔仁堂を拡大改築して『由学館』と銘じた。
１７８３年（天命３年）伊豆坂（岡城通り）に移築移転となる。 さらに、第１１代藩主・久教侯の時、１８３２年（天保３年）には、校舎の老朽により、近戸（旧竹田小学校跡）に移築移転している。また１８４０年（天保１１年）、第１２代藩主・久昭侯の時には、経武館を同地へ移転併設し、名称も『修道館』と改めている。
現存する由学館の門は、その後長く放置されていたが、竹田市の有志がもらいうけ、現在地の『西の宮社』に修復移転したものである。